Hazırda laboratoriyanın funksiyasına aşağıdakılar daxildir:
• institutun mandatına daxil olan (buğda, arpa, qarğıdalı, ərzaq paxlalıları) yerli, CİMMYT və İCARDA-dan introduksiya olunmuş bitkilərin rüşeym plazmalarının kompleks xəstəlik və zərərvericilərə davamlılıqlarının müəyyən edilməsi;
• respublikanın suvarma və dəmyə əkinçiliyində məhsuldarlığın artırılmasında xəstəlik və zərərvericilərə qarşı mübarizə tədbirlərinin öyrənilməsi, fermer təsərrüfatlarında tətbiqi və tədrisi;
• fermer və xüsusi torpaq mülkiyyətçilərinin əkin səhələrində fitosanitar vəziyyətin qiymətləndirilməsi;
• xəstəlik, zərərverici və alaq otlarının yayılması, onların zərərvurma həddlərinin müəyyən edilməsi;
• xəstəlik və zərərvericilərə qarşı səmərəli mübarizə tədbirlərinin aparılması üçün elmi müəssisələr, regional və beynəlxalq təşkilatlarla əməkdaşlığın daha da genişləndirilməsi.

Laboratoriya həmçinin fiziki və hüquqi şəxslərin taxıl və digər k/t bitkiləri əkinlərində rast gəlinən xəstəlik və zərərvericilərin növ tərkibinin müəyyən edilməsi, eləcə də onlara qarşı mübarizə tədbirlərinin seçilməsi, kimyəvi və bioloji preparatların normalarının dəqiqləşdirilməsi və tətbiqi, digər bu kimi servislər də göstərir.

Fitosanitar analiz:

- respublikada dənli və paxlalı bitkilərin əkin sahələrində müşahidə edilən göbələk xəstəlikləri törədicilərinin və zərərvericilərin növ tərkibinin müəyyən edilməsi, onların morfobioloji və fizioloji xüsusiyyətlərinin öyrənilməsi;

- taxıl bitkilərinin əsas xəstəlik törədicilərinin müxtəlif populyasilarının növ daxili fizioloji dəyişkənlik qanunauyğunluqlarının (ras tərkibinin) müəyyən edilməsi əsasında davamlı sortların yaradılmasına dair praktiki tövsiyələrin hazırlanması.                                                                  

Xəstəliklər və zərərvericilər:                                                                                                                                                                            

- respublikanın müxtəlif torpaq-iqlim zonalarında becərilən taxıl və paxlalı bitkilərin xəstəlik və zərəvericilərinin etiologiyası, yayılması və inkişaf dinamikası qanunauyğunluqlarının öyrənilməsi;

- əsas xəstəlik və zərərvericilərin diaqnostikası üzrə effektiv metodların seçilməsi, ayrı-ayrı bölgələrdə sortlar üzrə xəstəlik və zərərvericilərin monitorinqinin həyata keçirilməsi, immunoloji, aqrotexniki, kimyəvi və digər mübarizə tədbirləri sisteminin işlənib hazırlanması;                      

-yeni kimyəvi bitki mühafizə vasitələrinin sınağı, onların ekoloji təhlükəsiz və rasional qaydada tətbiqinin müəyyən edilməsi.                            

İnteqrir mübarizə tədbirləri:                                                                                                                                                                          

-taxıl əkini sahələrində əsas xəstəlik və zərərvericilərin yayılması və inkişafı səviyəsindən asılı olaraq onların məhsuldarlığa zərərvurma həddlərinin müəyyən edilməsi; -müxtəlif torpaq- iqlim şəraitinə uyğun olaraq intensiv texnologiya ilə becərilən taxıl bitkilərinin əsas xəstəlik və zərərvericilərinə qarşı inteqrə edilmiş müdafiə sistemlərinin işlənib hazırlanması və tətbiq edilməsi.                                                                                                  

Fitosanitar qiymətləndirmə:                                                                                                                                                                            

-institutun mandatına uyğun olaraq buğda, arpa, qarğıdalı və paxlalı bitkilərin yerli və beynəlxalq mərkəzlərdən (CİMMYT, İCARDA) alınmış sort nümunələrinin təbii və süni sirayətləndirmə fonunda kompleks xəstəlik və zərərvericilərə qarşı davamlılığının müəyyən edilməsi;                      

-davamlı sortların seçilməsi və yaradılması prosesində istifadə etmək məqsədi ilə sahib bitki və patogenin qarşılıqlı təsirinə əsaslanan fitopatoloji və genetik parametrlərin müəyyənləşdirilməsi;                                                                                                                              

-xəstəliklərə qarşı davamlı donorların müəyyən edilməsi, buğdanın sarı pas və bərk sürmə xəstəliklərinə qarşı genetik davamlılıq bankının yaradılması